La Junta de Centro es el máximo órgano de gobierno del centro. Los representantes de los estudiantes suman el 27% del total de los miembros que la forman y los becarios y becarias de investigación, el 3%. Cumple, entre otras, las siguientes funciones:

• Elegir y revocar al decano o decana o al director o directora.
• Proponer la implantación de nuevas titulaciones, proponer la creación de títulos y diplomas propios de la universidad.
• Aprobar el reglamento de régimen interno y resolver los conflictos que pueda haber.